Nell'antichità questa zona era l'Ager Vaticanus, fuori dalla città: c'erano ville e giardini come gli Horti di Agrippina, il circo iniziato da Caligola e ampliato da Nerone e grandi necropoli. Qui, secondo la tradizione, intorno al 67 fu martirizzato san Pietro, e verso il 324 Costantino costruì sulla sua tomba la prima basilica. Sulla riva del Tevere sorgeva il mausoleo di Adriano, il futuro Castel Sant'Angelo.
Attorno alla basilica crebbero ospizi e case per i pellegrini: dall'VIII secolo nacquero le scholae dei Sassoni, dei Franchi, dei Frisoni e dei Longobardi, e il nome Borgo viene dal germanico burg, «centro fortificato». Dopo il saccheggio saraceno dell'846, nell'852 papa Leone IV racchiuse la zona nelle mura che ne fecero la Città Leonina, separata da Roma.
Nel 1198 Innocenzo III fondò, dove sorgeva l'ospizio dei Sassoni, l'ospedale di Santo Spirito, ancora oggi in funzione. Nel 1277 Niccolò III fece costruire sulle mura il Passetto che collega il Vaticano a Castel Sant'Angelo, e per il Giubileo del 1500 Alessandro VI aprì la via Alessandrina, poi chiamata Borgo Nuovo.
Nel 1527, durante il Sacco di Roma, papa Clemente VII fuggì lungo il Passetto per rifugiarsi nel castello. Nel 1565 Pio IV fece costruire Borgo Pio, Borgo Vittorio e Borgo Angelico, e nel 1586 Sisto V unì Borgo alla città come quattordicesimo rione.
Nel 1870 Borgo entrò con il resto di Roma nel Regno d'Italia, e nel 1929 i Patti Lateranensi fecero del Vaticano uno Stato sovrano, con il confine sul limite di piazza San Pietro. Il 29 ottobre 1936 cominciò la demolizione della Spina di Borgo, i due isolati tra Borgo Vecchio e Borgo Nuovo, per aprire via della Conciliazione, completata per il Giubileo del 1950; molti abitanti furono trasferiti nelle borgate di periferia, come Acilia.
Oggi i «borghiciani», gli abitanti storici, vivono soprattutto nelle vie a nord del Passetto, mentre a sud prevalgono uffici, enti religiosi e l'ospedale di Santo Spirito. Il rione vive tra il flusso dei pellegrini, cresciuto con il Giubileo del 2000, e la quiete delle vie interne di Borgo Pio.
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